НТС состоит из президиума НТС и профильных секций НТС.

В состав президиума НТС входят: председатель президиума НТС; заместитель Министра транспорта Российской Федерации, координирующий деятельность по организации работы НТС, заместитель председателя президиума НТС; директор Департамента программ развития Министерства, руководители профильных секций НТС; директора департаментов Министерства, ученый секретарь НТС; начальник отдела научно-технической политики и инноваций Департамента программ развития Министерства. (в ред. приказа от 19.12.2019 № 416)

В составе НТС формируются:

1) секция «Государственная политика в области автомобильного и городского пассажирского транспорта»;

2) секция «Государственная политика в области дорожного хозяйства»;

3) секция «Государственная политика в области гражданской авиации
и аэронавигации»;

4) секция «Государственная политика в области морского и речного транспорта»;

5) секция «Государственная политика в области железнодорожного транспорта»;

6) секция «Международное сотрудничество в сфере транспорта»;

7) секция «Имущественные отношения в сфере транспорта»;

8) секция «Экономика, инвестиции и бюджетное финансирование в сфере транспорта»;

9) секция «Организационно-кадровое обеспечение в сфере транспорта»;

10) секция «Транспортная безопасность»;

11) секция «Программы развития в сфере транспорта»;

12) секция «Информация, навигация и связь в сфере транспорта»;

13) секция «Государственная политика в сфере создания, развития и обеспечения деятельности пунктов пропуска через государственную границу Российской Федерации»;

14) секция «Проектная деятельность в транспортном комплексе».

В состав каждой профильной секции НТС (далее - секция НТС) входят: руководитель секции НТС, заместитель руководителя секции НТС, секретарь секции НТС, иные члены секции НТС.

Членами секции НТС могут быть работники Министерства, федеральной службы и федеральных агентств, находящихся в ведении Министерства, работники образовательных, научно-исследовательских, общественных и иных организаций. Членство в секции НТС является персональным.