28-29 сентября 2009 г. в Таллине состоялось второе заседание совместной транспортной комиссии между Министерством транспорта Российской Федерации и Министерством экономики и коммуникаций Эстонской Республики. Российскую делегацию возглавил директор Департамента международного сотрудничества Министерства транспорта Российской Федерации Александр Андреев, эстонскую делегацию возглавил вице-канцлер Министерства экономики и коммуникаций Эстонской Республики в области транспорта Ееро Пяргмяе

В ходе заседания были обсуждены вопросы развития сотрудничества в области транспорта между Российской Федерацией и Эстонской Республикой.

Российская строна проинформировала эстонских коллег, что авиакомпании Estonian Air Regional предоставлено право выполнения полетов на временной основе по маршруту Таллин – Санкт-Петербург – Таллин до конца летнего сезона 2009 года. Вопрос продления разрешения на выполнение полетов в зимнем сезоне будет решаться в рабочем порядке авиационными администрациями сторон.

Стороны обменялись информацией о перевозках грузов и пассажиров между Российской Федерацией и Эстонской Республикой, а также в/из третьих стран и транзитом по территориям двух стран.

В целях обеспечения торгово-экономического сотрудничества между двумя странами в 2009 году, стороны договорились обменяться до 15 октября 2009 года дополнительно 3500 разрешениями на перевозки грузов в двустороннем и транзитном сообщении. Достигнута договоренность о предварительном обмене на 2010 год 17000 разрешениями на двусторонние перевозки грузов и транзитный проезд.

Эстонская сторона проинформировала российскую сторону о транспортно - эксплуатационном состоянии автодорожного моста через реку Нарва, как объекта транспортной инфраструктуры АПП Ивангород – Нарва. Департаментом шоссейных дорог Эстонской Республики в установленном порядке 25 сентября 2009 г. объявлен конкурс на выполнение комплекса работ, включающего в себя разработку проектной документации на ремонт моста и непосредственно ремонт указанного моста. Российской стороне предложено рассмотреть возможность участия российских дорожных организаций в этом конкурсе.

Стороны договорились продолжить работу рабочей группы по разработке «Пограничного соглашения о прямом железнодорожном сообщении» (регулирующего перевозки пассажиров, грузов, багажа и грузобагажа между территориями государств, а также транзитом по их территориям).

В ходе переговоров была заслушана информация о развитии портов двух стран, обсуждены вопросы морской безопасности. Достигнута договоренность о проведении совместной работы по информационному обеспечению в рамках договора «Gofrep». Отмечена необходимость ускорения работы по подготовке к подписанию Соглашения между Правительством Российской Федерации и Правительством Эстонской Республики о сотрудничестве в морском поиске и спасании людей, терпящих бедствие в Финском заливе и Соглашения между Правительством Российской Федерации и Правительством Эстонской Республики о сотрудничестве в борьбе с загрязнением Балтийского моря нефтью и другими вредными веществами.

Третье заседание Совместной российско-эстонской транспортной комиссии состоится в Российской Федерации в 2010 году.