Коллегия Министерства транспорта Российской Федерации является коллегиальным совещательным органом, образуется на основании Положения о Министерстве транспорта Российской Федерации, утвержденного постановлением Правительства Российской Федерации от 30 июля 2004 г. № 395, и в своей деятельности руководствуется Конституцией Российской Федерации, федеральными конституционными законами, федеральными законами, указами, распоряжениями и поручениями Президента Российской Федерации, постановлениями, распоряжениями и поручениями Правительства Российской Федерации, международными договорами Российской Федерации, Положением о Министерстве транспорта Российской Федерации, нормативными правовыми и иными актами Министерства, а также Положением о коллегии Министерства транспорта Российской Федерации

Основной задачей коллегии является рассмотрение и выработка согласованных решений по наиболее важным вопросам, направленным на реализацию задач, возложенных на Министерство, по осуществлению государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере гражданской авиации, использования воздушного пространства и аэронавигационного обслуживания пользователей воздушного пространства Российской Федерации, авиационно-космического поиска и спасания, морского (включая морские порты, кроме портов рыбопромысловых колхозов), внутреннего водного, железнодорожного, автомобильного, городского электрического (включая метрополитен) и промышленного транспорта, дорожного хозяйства, обеспечения транспортной безопасности, а также государственной регистрации прав на воздушные суда и сделок с ними и организации дорожного движения в части организационно-правовых мероприятий по управлению движением на автомобильных дорогах.