Один из показателей деятельности транспортного комплекса – состояние безопасности движения. В 2001 году в округе несколько сократилось количество ДТП, совершённых по вине водителей пролицензированного транспорта с 1005 за 9 месяцев 2000 года до 872 на 01 ноября 2001 года. При этом, снизилось количество погибших и раненных в ДТП соответственно раненых с 1178 до 1147, погибших – с 211 до 189. Есть снижение ДТП, совершённых в нетрезвом состоянии с 100 до 85 на 01 января 2002 года. Отмечается относительно благополучное состояние в Томской области.

Одной из общих проблем регионов Сибирского федерального округа является ослабление государственного и муниципального транспорта, занятого на перевозках грузов и пассажиров. Так, в 2001 году «частный сектор» увеличился по сравнению с 2000 годом на 7%, тогда, как, государственные и муниципальные предприятия уменьшили своё участие на транспортном рынке на 15% на всех вида транспорта. Это обуславливается, в первую очередь, недофинансированием государственных и муниципальных транспортных предприятий. Отсюда – старение подвижного состава, отсутствие его обновления. Так, в Новосибирской области муниципальный пассажирский транспорт использует только 12% автобусов, отвечающих требованиям безопасности перевозок. Остальной транспорт – самортизирован, но вынужден «ходить» на линии, выполняя муниципальный заказ.