Департамент государственной политики в области гражданской авиации;

Департамент государственной политики в области дорожного хозяйства, автомобильного и городского пассажирского транспорта, геодезии и картографии;

Департамент государственной политики в области железнодорожного транспорта;

Департамент государственной политики в области морского и речного транспорта;

Департамент международного сотрудничества;

Департамент правового обеспечения и законопроектной деятельности;

Департамент программ развития;

Департамент реформирования и имущественных отношений;

Административный департамент;

Департамент транспортной безопасности и специальных программ;

Департамент экономики и финансов.