Протоколом вносятся изменения, согласно которым транзитные участки железных дорог, технологически входящие в состав железных дорог одного государства, но расположенные на территории другого государства, являются собственностью первого государства. Таким образом, урегулирование имущественных отношений железных дорог России и Казахстана сводится к обмену транзитными участками железных дорог между Россией и Казахстаном. Нетранзитные участки считаются собственностью государства, на территории которого они расположены.