В 2003 г. Правительство РФ, утвердив План мероприятий по реализации Программы структурной реформы на железнодорожном транспорте на 2003 – 2005 гг. (постановление Правительства РФ от 6 мая 2003 г. № 283), определило, что дальние пассажирские перевозки будут осуществляться дочерним обществом ОАО «РЖД», созданным путем учреждения вновь. В декабре 2004 г. постановлением Правительства РФ от 20 декабря 2004 г. № 811 были внесены изменения в Программу структурной реформы на железнодорожном транспорте. В соответствии с новой редакцией Программы компания по пассажирским перевозкам дальнего следования должна быть создана путем реорганизации ОАО «РЖД» в форме выделения акционерного общества, 100 % акций которого будут принадлежать Российской Федерации.

В связи с тем, что в бюджете на 2007 г. средства на компенсацию убытков от дальних пассажирских перевозок уже заложены в размере 40% от общего уровня убытков, а на 2008 и 2009 годы - предусмотрены в размере 60% и 100% соответственно, ОАО «РЖД» обратилось в Межведомственную комиссию по вопросам реализации структурной реформы на железнодорожном транспорте с предложением вернуться к варианту выделения ФПК в виде 100% дочерней компании ОАО «РЖД».

На заседании отмечена преждевременность рассмотрения данного вопроса в связи с тем, что Дирекция по пассажирским перевозкам только приступила к работе. При этом Программа структурного реформирования предусматривает принятие конкретных решений после детального анализа предыдущего этапа. В этой связи МВК пришла к выводу о целесообразности рассмотрения этого вопроса не раньше чем через год работы Дирекции по пассажирским перевозкам в статусе филиала ОАО «РЖД».

При рассмотрении второго вопроса отмечалось особое место пассажирских пригородных перевозок в транспортном обеспечении населения. В соответствии с Программой структурной реформы на железнодорожном транспорте, утвержденной Постановлением Правительства Российской Федерации от 18 мая 2001 г. № 384: «пригородные перевозки осуществляются пригородными пассажирскими компаниями (ППК), расположение которых в основном совпадает со структурой административно-территориального деления страны». По данным ОАО «РЖД», создано десять ППК, приступили к работе шесть.

Представители ОАО «РЖД» просили оказать помощь в решении ряда финансовых, технологических и юридических проблем, мешающих полноценной работе компании.

В целом участники заседания поддержали предложения ОАО «РЖД», предусматривающие, в том числе, компенсацию убытков от пригородных пассажирских перевозок. Вместе с тем была отмечена недостаточная работа ОАО «РЖД» с регионами по компенсации этих убытков и обращено внимание на необходимость более тесного сотрудничества компании с субъектами Российской Федерации в этом вопросе.