Автономная некоммерческая организация «Дирекция Московского транспортного узла» была создана в соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации №723-р от 25 апреля 2011 года, распоряжением Правительства Москвы №424-РП от 31 мая 2011 года и постановлением Правительства Московской области №512/21 от 3 июня 2011 года с целью координации федеральных органов исполнительной власти, органов исполнительной власти города Москвы и Московской области при реализации мероприятий по развитию Московского транспортного узла.

Основной задачей, выполняемой АНО «Дирекция Московского транспортного узла», является обеспечение деятельности Координационного Совета по развитию транспортной системы города Москвы и Московской области (мониторинг исполнения решений, подготовка отчетных мероприятий и аналитических материалов).