Счетной палатой Российской Федерации в 2016 году в Министерстве транспорта Российской Федерации проведены контрольные мероприятия:

«Проверка исполнения Федерального закона «О федеральном бюджете на 2015 год и на плановый период 2016 и 2017 годов» и бюджетной отчетности об исполнении федерального бюджета за 2015 год».

«Проверка и анализ обоснованности показателей проекта федерального закона о федеральном бюджете на 2017 год и на плановый период 2018 и 2019 годов, нормативной методической базы его формирования».

«Проверка ликвидационных мероприятий по упразднению Федерального агентства по обустройству государственной границы Российской Федерации».